Il Bollettino della Società dei Naturalisti in Napoli nasce nel 1887, ma la Società dei Naturalisti, precedentemente Circolo degli Aspiranti Naturalisti, aveva precedentemente pubblicato  negli anni 1985-1986 la Rivista Italiana di Scienze Naturali e loro Applicazioni, di cui il Bollettino può essere considerato la continuazione.

La pubblicazione del Bollettino a cura della Società dei Naturalisti è proseguita ininterrottamente fino al 2006.