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Il Bollettino della Società dei Naturalisti in Napoli nasce nel 1887, ma la Società dei Naturalisti, precedentemente Circolo degli Aspiranti Naturalisti, aveva precedentemente pubblicato negli anni 1985-1986 la Rivista Italiana di Scienze Naturali e loro Applicazioni, di cui il Bollettino può essere considerato la continuazione.
La pubblicazione del Bollettino a cura della Società dei Naturalisti è proseguita ininterrottamente fino al 2006.